최근 5년간 서울시 특별회계 지방재정법 제9조에서 지방자치단체의 특별회계는 특정사업을 운영할 때 또는 특정자금이나 특정세입세출로 일반세입·세출과 구분하여 회계처리할 필요가 있을 때 한하여 법률 또는 조례로 설치할 수 있도록 규정하고 있다 

최근 5년간 특별회계의 자체수입 비중이 줄어드는 등 세입안정성이 낮아지고 있으며, 특히 지방채 규모가 급증하여 관리대책이 요청된다고 밝혔다.    

한편, 서울시 특별회계의 2019년 예산집행률은 84.8%로 최근 5년간 계속 낮아지고 있고, 일반회계 집행률 97.0%에 비해 10%p 이상 낮아 예산운용의 비효율성이 심각한 상태이다.   

방만하게 운영되는 특별회계의 정비, 계정간 예산 전출입 등의 체계적 관리, 특별회계의 설치 취지에 부합한 대상사업 선정이 요청되고 지방채 및 타회계 전입금이 주요 세원이면서도 정책사업비 비중이 낮거나 매년 집행률이 낮은 서울시 자체 특별회계의 경우 일반회계로 사업을 전환하여 규모를 축소하거나 통폐합 필요성이 제기된다.    

서울시의회는 이러한 문제점을 지적하면서 ① 서울시 조례로 설치된 특별회계의 경우 5년 단위로 존속 여부 판단, ② 지방채와 일반회계의 전입금 비율이 높은 특별회계 사업의 일반회계로의 전환 및 예산규모 조정, ③ 설치기준이 명확하지 않은 특별회계의 통폐합 및 정비, ④ 존속 필요성이 있는 특별회계의 경우 재정기반 확충을 위한 자체수입 확충 및 국고보조금 상향 조정을 위한 다각적인 노력 강구 등을 개선방안으로 제시하면서, 이를 위해 서울시 12개 특별회계에 대한 서울시 차원의 종합적인 자체 평가를 정기적으로 수행할 필요가 있다고 강조하였다.      

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